Phân tích làm rõ đặc trưng các cơ quan tiến hành tố tụng, nhất là đối với tòa án trong nhà nước pháp quyền, cũng như những nguyên tác hoạt động của các cơ quan này khi giải quyết vụ án hình sự làm căn cứ khoa học cho việc đổi mới các cơ quan tiến hành tố tụng nước ta trước yêu cầu cải cách tư pháp. Trên cơ sở học thuật pháp luật so sánh, đề tài đã phân tích, đối chiếu so sánh pháp luật tố tụng hình sự về cơ quan tiến hành tố tụng hình sự ở một số nước tiêu biểu trong các mô hình tố tụng hình sự trên thế giới để rút ra những kinh nghiệm có thể học tập cho việc hoàn thiện pháp luật, đổi mới các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự trước yêu cầu cải cách tư pháp hiện nay ở nước ta. Đề tài đã đúc kết kinh nghiệm của việc tổ chức và hoạt động của các cơ quan tố tụng hình sự ở nước ta từ 1946 đến nay làm cơ sở cho việc hoàn thiện, đổi mới các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự. Trên cơ sở thưc trạng tổ chức và hoạt động của các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự, đề tài đưa ra những đánh giá, nhận xét trên hai bình diện: những thành tựu và hạn chế của các cơ quan này để rút ra những kết luận về mức độ hiệu quả của chúng trong việc đấu tranh phòng ngừa tội phạm, cũng như trong việc bảo vệ quyền con người trong tố tụng hình sự. Trên cơ sở lý luận, kinh nghiệm của các nước, kinh nghiệm lịch sử của đất nước và những điểm mạnh, hạn chế của các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự, đưa ra các giải pháp hoàn thiện đổi mới cơ quan tiến hành tố tụng hình sự theo định hướng Đảng về chiến lược cải cách tư pháp. Đưa ra một số giải pháp: Các giải pháp hoàn thiện đổi mới về tổ chức đối với các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự; Giải pháp về việc lựa chọn mô hình tố tụng hình sự cho Việt Nam trong cải cách tư pháp hiện nay; Những giải pháp hoàn thiện các nguyên tắc cơ bản của tố tụng hình sự; Những giải pháp về hoàn thiện pháp luật tố tụng hình sự đối với hoạt động của các cơ quan tiến hành tố tụng hình sự.